یکصد و هفده جدایه قارچ Magnaporthe grisea ، عامل بیماری بلاست برنج، شامل 53 جدایه از نمونه های مناطق مختلف استان گیلان و 64 جدایه از نمونه های مزرعه آزمایشی موسسه تحقیقات برنج در رشت به منظور بررسی تنوع ژنتیکی قارچ بر اساس شناسایی گروههای سازگاری رویشی مورد مطالعه قرار گرفتند. گروههای سازگاری رویشی در این جمعیت ها با استفاده از جهش یافتگان فاقد قدرت استفاده از منبع نیترات شناسایی شدند. با استفاده از این روش سه گروه سازگاری رویشی به اسامی VCG2, VCG1 و VCG3 در جمعیت قارچ شناسایی شدند. گروه سازگاری رویشی VCG2 بیشترین فراوانی را در این مناطق نشان داد. بعد از آن، گروههای سازگاری رویشی VCG1 و VCG3 به ترتیب در مقام های دوم و سوم قرار گرفتند. در بین جدایه های بدست آمده از نمونه های مناطق مختلف استان، به ترتیب %55.76, %42.30 و %1.92 از جدایه ها در گروههای سازگاری VCG2, VCG1 و VCG3 قرار گرفتند. همچنین %60.93, %34.37 و %4.68 از جدایه های بدست آمده از نمونه های مزرعه آزمایشی به ترتیب به گروه های سازگاری VCG2, VCG1 و VCG3 تعلق داشتند. در مجموع، %58.62, %37.93 و %3.44 از کل جدایه های هر دو جمعیت به ترتیب در گروههای سازگاری رویشی VCG2, VCG1 و VCG3 گروه بندی شدند. جدایه های به دست آمده از ارقام خوش کیفیت و محلی شامل بینام، طارم مولایی و هاشمی اعضایی از هر دو گروه سازگاری رویشی VCG1 و VCG2 بودند، در حالی که اکثر جدایه های بدست آمده از ارقام خزر و حسنی متعلق به گروه سازگاری رویشی VCG2 بودند. این تحقیق نشان داد که جمعیت قارچ در استان از نظر ژنتیکی تنوع کمی دارد. علاوه بر آن، تعیین گروه های سازگاری رویشی می تواند روش مناسبی برای ارزیابی تنوع ژنتیکی قارچ باشد.

در این مطالعه گروههای سازگار رویشی برای 147 جدایه تک اسپور Magnaporthe grisea که از نمونه های آلوده مناطق مختلف استان مازندران جداسازی شده بودند، با استفاده از جهش یافتگان نیت (جهش یافتگان ناتوان در استفاده از نیترات) تعیین گردیدند. جهش یافتگان نیت از قطاع های سریع الرشدی که روی محیط حداقل حاوی کلرات رشد کرده بودند، جداسازی شدند. پس از انجام آزمایش های مربوط به تکمیل ژنتیکی جهش یافتگان هر جدایه، تعداد 222 جهش یافته انتخاب گردید. گروه فنوتیپی جهش یافتگان بر اساس نحوه رشد پرگنه آنها روی منابع مختلف نیتروژن شامل نیترات سدیم، نیترت سدیم، هیپوزانتین، تارتارات آمونیم و اسید اوریک تعیین شد و بر این اساس سه گروه فنوتیپی شناسایی شد. به منظور تعیین گروههای سازگار رویشی، هر یک از جهش یافتگان با جهش یافتگان جدایه های تستر تلاقی داده شدند. در نتیجه، سه گروه سازگار رویشی در میان جدایه های قارچ در منطقه مازندران شناسایی گردید. گروه سازگار رویشی 2 بیشترین فراوانی را داشت و گروه سازگار رویشی 3 کمترین تعداد از جدایه ها را به خود اختصاص داد.

بیماری خال سیاه سیب زمینی توسط Colletotrichum coccodes ایجاد می شود و در اکثر مناطق کشت سیب زمینی ایران پراکنده است. عامل بیماری یکی از عوامل مهم کاهش عملکرد در مزرعه است و باعث پوسیدگی غده ها و افت وزن محصول در انبار می شود. وضعیت تنوع ژنتیکی و توان بیماری زایی این قارچ در ایران مشخص نبود. برای این منظور از مناطق عمده سیب زمینی کاری استان های اردبیل ‍، اصفهان و همدان اقدام به نمونه برداری از گیاهان با علایم بیماری شد. از 108 جدایه به دست آمده 48 جدایه با توجه به مناطق نمونه برداری انتخاب شدند. بر پایه واکنش های سازگاری رویشی در مجموع چهار گروه چند عضوی IRN-VCG1، IRN-VCG2، IRN-VCG3 و IRN-VCG4 به ترتیب با فراوانی 42.86، 14.29، 4.16 و 4.16 درصد و شش گروه تک عضوی تعیین شدند. جدایه های اردبیل در گروه های IRN-VCG1 و IRN-VCG2 با فراوانی 50 و 12.5 درصد قرار گرفتند و بقیه جدایه ها گروه های تک عضوی را تشکیل دادند. سه گروهIRN-VCG1 ، IRN-VCG2 و IRN-VCG3 به ترتیب با فراوانی 55، 13 و 13 درصد جدایه های همدان را دربر گرفتند و باقی جدایه ها در گروه های تک عضوی جای داده شدند. جدایه های استان اصفهان به سه گروهIRN-VCG1 ، IRN-VCG2 و IRN-VCG4 با فراوانی 25، 19 و 12 درصد تعلق داشتند و بقیه جزو گروه های تک عضوی بودند. با استفاده از دو روش تلقیح اینوکلوم قارچ به غده های سیب زمینی و آلوده سازی ریشه، بیماری زایی جدایه ها بررسی شد. به جز پنج جدایه بقیه جدایه ها قادر به پوسانیدن غده های سیب زمینی بودند و همه جدایه ها توانستند در ریشه و ساقه زیرزمینی ایجاد بیماری کنند. مقایسه داده های مربوط به شدت بیماری زایی نشان داد شدت پوسانندگی غده ها و گسترش میکرواسکلروت های جدایه ها در اندام های زیرزمینی مستقل از هم هستند. همچنین بین گروه های سازگاری رویشی و قدرت بیماری زایی جدایه ها همبستگی وجود نداشت ولی بین این گروه ها و مناطق جغرافیایی جدایه ها همبستگی اندکی دیده شد. پژوهش حاضر نشانگر تنوع قابل توجه گروه های سازگاری رویشی در این گونه است.

در این تحقیق گروه های سازگاری رویشی VCG چهل جدایه Fusarium oxysporum f.sp. tuberosi عامل بیماری های مهم سیب زمینی در سه مرحله در انبار و مزرعه شامل پوسیدگی خشک فوزاریمی پژمردگی و پوسیدگی انتهایی ساقه سیب زمینی که از مناطق مختلف سیب زمینی کاری استان خراسان جمع آوری شده بودند، با استفاده از جهش یافتگان نیت تعیین شد. ابتدا جهش یافتگان نیت به صورت سکتورهایی در محیط های مختلف کلرات دار تولید شدند. سپس کلاس فنوتیپی جهش یافتکان نیت براساس مشخصات رشدی پرگنه آنها روی محیط پایه که حاوی یکی از پنج نوع منبع نیتروژن (نیترات سدیم، نیتریت سدیم، تارتارات آمونیوم، اسید اوریک و هیپوزانتین) بود، تعیین گردید. بر این اساس 9/49 درصد از جهش یافتگان نیت متعلق به کلاس فنوتیپی nit1، 3/30 درصد به کلاس فنوتیپی nit3 و 9/15 درصد در کلاس فنوتیپی Nit M قرار گرفتند. 9/3 درصد از جهش یافتگان نیت در هیچ کلاس فنوتیی قرار نگرفتند که به آنها crn اطلاق می گردد. به منظور انجام آزمون های مکمل سازی و تعیین گروه های سازگاری رویشی، بین تمامی جهش یافتگان Nit M هر جدایه با جهش یافتگان nit1 یا nit3 سایر جدایه ها مقابله برقرار گردید. جدایه هایی که قادر به تشکیل هترکاریونهای پروتروف پایدار در حد فاصل پرگنه های سازگار Nit M، باnit1 یا nit 3 بودند, در یک گروه سازگاری رویشی قرار گرفتند. نماد تشکیل هترکاریون پروتروف، تشکیل خط رشدی متراکم از میسلیوم های هوایی در حد فاصل پرگنه ها در محیط کشت حداقل بعد از 7 تا 14 روز است. بر این اساس 8 گروه سازگاری رویشی به نام های VCG8, VCG7, VCG5, VCG4, VCG3, VCG2, VCG1 تعیین شد که در این میان VCG3, VCG2, VCG1 مربوط به جدایه های عامل پژمردگی، VCG4 شامل جدایه های عامل پژمردگی و پوسیدگی انتهایی ساقه،VCG5 شامل فقط یک عضو مربوط به پوسیدگی انتهایی ساقه، VCG7, VCG6 و VCG8 مربوط به جدایه های عامل پوسیدگی خشک فوزاریومی سیب زمینی بودند. به نظر میرسد بین جدایه های عامل پژمردگی و پوسیدگی انتهایی ساقه همولوژی ژنتیکی وجود داشته باشد. ارتباطی بین VCG و پراکنش جغرافیایی جدایه ها وجود نداشت. از آنجا که از گروه های سازگاری رویشی استاندارد (به علت عدم وجود آنها) استفاده نشده است، نامگذاری گروهها به روش معمول صورت نگرفته است.

در این تحقیق گروههای سازگاری رویشی [vegetative compatibility groups (VCGs)] 24 جدایهFusarium oxysporum که از پاجوش های آلوده موز هشنت منطقه بلوچستان (عورکی، باهوکلات، دشتیاری، راسک، شیرگواز، کهیر، گودن و چابهار) جمع آوری شده بود با استفاده از جهش یافتگان نیت  [nitrate non-utilizing (nit) mutants]مورد بررسی قرار گرفتند. در مجموع از 24 جدایه مورد آزمایش 230 جهش یافته نیت به دست آمد که کلاس فنوتیپی آنها با استفاده از محیط های نیترات سدیم، نیتریت سدیم، هیپوزانتین، تارتارات آمونیوم و اسید اوریک تعیین گردید. بر این اساس 68% از جهش یافتگان نیت در کلاس فنوتیپی nit 1، 18% در کلاس فنوتیپی nit 3 و 14% آنها در کلاس فنوتیپی Nit M قرار گرفتند. برای انجام آزمون های مکمل سازی (complementation tests) و تعیین گروه های سازگاری رویشی (VCGs)، بین کلیه جهش یافتگان Nit M با جهش یافتگان nit 1 و یا nit 3 مقابله گردید. تشکیل هتروکاریونهای پروتوتروف در حد فاصله پرگنه های سازگارNit M باnit 1  و یاnit 3 به صورت خط رشدی متراکم میسلیومها در مدت 14-7 روز ظاهر شد. جدایه های مورد آزمایش در این تحقیق در 2 گروه سازگاری رویشی قرار گرفتند و بر این اساس 15 جدایه درگروه VCG a و 9 جدایه در گروه VCG b جای گرفتند.

در سال 1384، 35 جدایه قارچ Gibberella intermedia (با آنامورف Fusarium proliferatum)، به عنوان عامل غالب بیماری پوسیدگی طوقه برنج در استان مازندران، از نظر تنوع در گروه های سازگاری رویشی مورد بررسی قرار گرفتند. از جهش یافته های  nit(فاقد قدرت استفاده از نیترات) برای شناسایی و ارزیابی این گروه ها استفاده شد. از سه جدایه روی محیط های حاوی 1، 3 و 5 درصد کلرات پتاسیم جهش یافته های nit بدست نیامد و به عنوان جدایه های crn از مطالعه حذف شدند. از سه جدایه نیز تنها جهش یافتگان فنوتیپ nit 1 بدست آمد. بیست و نه جدایه باقیمانده در 26 گروه سازگاری رویشی شامل 23 گروه تک عضوی و 3 گروه دو عضوی قرار گرفتند. این گروه ها با اسامی VCG1 تا VCG29 مشخص شدند. تمام گروه های سازگاری رویشی دو عضوی در منطقه جغرافیایی محدودی قرار داشتند، که این مساله نشان دهنده شباهت ژنتیکی بیشتر جدایه های این منطقه با یکدیگر می باشد. گروه های سازگاری رویشی تک عضوی فراوان در جمعیت قارچ نشان دهنده تنوع ژنتیکی بالا و وجود ساز و کارهای لازم برای ایجاد تنوع ژنتیکی در جمعیت آن می باشد. یکی از مهمترین عوامل بروز تنوع در قارچ ها، نوترکیبی جنسی است، که بروز تولید مثل جنسی فراوان در جمعیت این قارچ در طبیعت، این فرضیه را تایید می کند.

بیماری پوسیدگی ریشه و ساقه خیار ناشی از قارچ Fusarium oxysporum f. sp. radicis-cucumerinum یکی از بیماری های مهم و محدود کننده کشت خیار در دنیا و برخی مناطق ایران است. به منظور مطالعه و بررسی تنوع ژنتیکی این بیمارگر در منطقه جیرفت و کهنوج در سال های زراعی 1392-1389 تعداد 45 نمونه خیار دارای علائم به آزمایشگاه منتقل و اقدام به جداسازی بیمارگر گردید. تنوع ژنتیکی جدایه ها با استفاده از آزمون بیماری زایی، گروه های سازگاری رویشی و نشانگر ملکولی RAPD مورد بررسی قرار گرفت. اغلب جدایه های به دست آمده در این تحقیق قدرت بیماری زایی بالایی نشان دادند. در بررسی سازگاری رویشی، 288 جهش یافته نیت به دست آمد که 4/53% از جهش یافتگان نیت در کلاس فنوتیپی nit1، 2/25% در کلاس فنوتیپی nit 3 و 4/21% آن ها در کلاس فنوتیپی nit M قرار گرفتند. سه گروه سازگاری رویشی شناسایی و به صورت اختیاری VCG-B، VCG-A و VCG-C نام گذاری شدند. در مطالعات ملکولی، آغازگرهای تصادفی سری SBS با نشانگر مولکولی RAPD منجر به تکثیر باندهایی در گستره 250 تا 2500 جفت باز گردید. نتایج تجزیه خوشه ای، جدایه ها را در سطح تشابه 84 درصد در دو خوشه قرار داد که بیانگر تشابه ژنتیکی بالای جدایه ها است. این اولین مطالعه بررسی تنوع ژنتیکی در جدایه های قارچ Forc با استفاده از گروه های سازگار رویشی و نشانگر مولکولی RAPD در جمعیت های این گونه در ایران است.